Diagnóstico molecular de SARS-CoV-2

Abstract

El diagnóstico de COVID-19 se basa tanto en aspectos clínicos como en pruebas de detección, pero los síntomas y signos clínicos de los pacientes infectados son altamenteatípicos y, por lo tanto, las pruebas moleculares son indispensables para su diagnóstico. La reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-qPCR) se lleva acabo en laboratorios nivel BSL II; asimismo, los principales blancos moleculares para la detección viral son el gen E (envoltura), y el gen RdRP (ARN polimerasa dependientede ARN). Los falsos negativos en este diagnóstico se deben a la calidad y cantidad de la muestra, condiciones de transporte, almacenamiento, y manejo de estas antes y despuésde la extracción (el ARN es termolábil y abundantes las RNasas), fase de la infección, mutaciones del virus y presencia de inhibidores de la PCR. En estos casos, se recomiendauna nueva toma de muestra, especialmente de vías respiratorias bajas, para aumentar la carga viral. Se debe tener en cuenta la sensibilidad analítica de la RT-qPCR (5,2 copiasde ARN/reacción) y que, una vez el RNA se extrae, se va degradando progresivamente afectando la sensibilidad diagnóstica de la prueba. Un diagnóstico oportuno permiteoptimizar el manejo (aislamiento y tratamiento) y monitorización de los pacientes, así como la aplicación de medidas de prevención y control de la expansión, y la vigilanciaepidemiológica de la enfermedad.