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dc.contributor.advisorConsuelo Sánchez, Ligia Consuelo
dc.contributor.authorMendez Dimate, Yury Hasbleidy
dc.date.accessioned2021-11-10T21:16:47Z
dc.date.available2021-11-10T21:16:47Z
dc.date.issued2018-11
dc.identifier.urihttps://repositorio.unicolmayor.edu.co/handle/unicolmayor/3641
dc.description.abstractActualmente en el cepario la caracterización de las bacterias Gram positivas, se ha llevado a cabo solo por pruebas bioquímicas y microbiológicas, por lo cual el objetivo de este proyecto fue caracterizar a nivel molecular las bacterias Gram positivas del banco de cepas de la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, utilizando técnicas moleculares. La metodología incluyó la evaluación de las características fenotípicas de las cepas Gram positivas, e identificación bioquímica. Se obtuvo ADN total con el kit “QUICKDNATM Universal Kit – DE ZYMO RESEARCH” Fluidos biológicos y protocolo celular. La amplificación con PCR del producto se evaluó por electroforesis en gel de agarosa 2% con buffer TAE 1X. Los productos obtenidos fueron secuenciados con los primers 16S-8F y 16S-1492R. Los resultados se editaron en el programa Chromas 2.6.5, y se compararon con las que se encuentran en las bases de datos del GenBank del NCBI (USA) con un porcentaje de identidad igual o mayor al 97%. A partir de los resultados se identificaron 7 bacterias Gram positivas, que concuerdan con los datos fenotípicos del cepario y 3 bacterias que presentaron resultados erráticos (<60pb). Con base a los resultados obtenidos, el presente proyecto fortalece el Banco de cepas de la UCMC, posibilitando la participación en diferentes investigaciones u otros escenarios, incidiendo en el reconocimiento de otras universidades e instituciones, con el fin de generar espacios para consolidarla económicamente. Con estos resultados se pretende, registrar las cepas caracterizadas ante el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos “Alexander von Humboldt”.spa
dc.description.tableofcontentsINTRODUCCIÓN - 3 - OBJETIVOS - 5 - Objetivo general - 5 - Objetivos específicos - 5 - 1. ANTECEDENTES - 6 - 2. MARCO REFERENCIAL - 11 - 2.1. Colecciones biológicas - 11 - 2.2. Generalidades de las bacterias Gram positivas en estudio - 11 - 2.2.1. Cocos Gram positivos - 13 - Staphylococcus spp - 13 - Streptococcus spp. - 14 - Enterococcus spp - 16 - Identificación bioquímica de Straphylococcus spp - 18 - Identificación bioquímica de Streptococcus spp. - 19 - 2.2.2. Bacilos Gram positivos - 20 - Lysteria spp - 21 - Corynebacterium spp - 22 - Bacillus spp - 22 - Características bacilos Gram positivos(Corynebacterium, Listeria, Bac- illus)- 23 - Identificación bioquímica de Lysteria, Corynebacterium y Bacillus - 23 - 2.3. Sistema BBL CRYSTAL para Gram Positivos - 24 - 2.4. Identificación molecular de bacterias Gram positivas - 24 - 2.4.1. Estructura molecular de las bacterias - 24 - 2.4.2. ARN 16S - 25 - 2.4.3. Etapas de identificación bacteriana - 25 - 2.4.4. Secuenciación del DNA mediante el método de Sanger - 26 - 3. DISEÑO METODOLÓGICO - 27 - 3.1. Tipo de investigación - 27 - 3.2. Universo, población, muestra - 27 - 3.3. Hipótesis, variables, indicadores Hipótesis - 27 - 3.4. Técnicas y procedimientos - 28 - 4. RESULTADOS - 36 - 5. DISCUSIÓN 55 6. CONCLUSIONES 61 BIBLIOGRAFIA 62 ANEXOS 69eng
dc.format.extent83p.spa
dc.format.mimetypeapplication/pdfspa
dc.language.isospaspa
dc.publisherUniversidad Colegio Mayor de Cundinamarcaspa
dc.rightsUniversidad Colegio Mayor de Cundinamarca, 2018spa
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/spa
dc.titleCaracterización molecular de bacterias gram positivas del banco de cepas de la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarcaspa
dc.typeTrabajo de grado - Pregradospa
dc.contributor.corporatenameUniversidad Colegio Mayor de Cundinamarcaspa
dc.description.degreelevelPregradospa
dc.description.degreenameBacteriólogo(a) y Laboratorista Clínicospa
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias de la Saludspa
dc.publisher.placeBogotá D.Cspa
dc.publisher.programBacteriología y Laboratorio Clínicospa
dc.relation.referencesRodicio M, Mendoza M. Identificación bacteriana mediante secuenciación del ARNr 16S: fundamento, metodología y aplicaciones en microbiología clínica. Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica. [Internet] 2004; 22 (4): 238-245. [Consultado 2017 Mar 15]. Disponible en: http://www.elsevier.es/es-revista-enfermedades-infecciosas-microbiologia-clinica28-articulo-identificacion-bacteriana-mediante-secuenciacion-del-13059055spa
dc.relation.referencesValenzuela F, Casillas R, Villalpando E, Vargas F. The 16S rRNA gene in the study of marine microbial communities. Ciencias Marinas. [Internet] 2015; 41 (4): 297- 313. [Consultado 2017 Mar 15]. Disponible en: http://www.scielo.org.mx/pdf/ciemar/v41n4/0185-3880-ciemar-41-04-00297- en.pdfspa
dc.relation.referencesJensen, T. G., Konradsen, H. B., & Bruun, B. (1984). Evaluation of the Rapid ID 32 Strep system. Clinical Microbiology and Infection, 5(7), 417–423. [Consultado 2018 Abr 15]. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7814506spa
dc.relation.referencesKnapp C., Ludwing M. y Washington J. Evaluation of BBL Crystal MRSA ID System. Journal of Clinical Microbyology. 1994. 32 (10); 2588-2589 [Consultado 2018 Abr 15]. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7814506spa
dc.relation.referencesBaum H., Klemme F, Geiss HK, Sonntag H. Comparative evaluation of a commercial system for identification of gram-positive cocci. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 1998 Dec;17(12):849-52. [Consultado 2018 Abr 15]. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10052548spa
dc.relation.referencesBosshard P, Abels S,Zbinden R, Bottger EC, y Altwegg M. Secuenciación de DNA ribosómico para identificación de aeróbicospa
dc.relation.referencesBacilos grampositivos en el Laboratorio Clínico (Una Evaluación 18 meses). Instituto de Microbiología Médica, Universidad de Zurich,2003. 41(9);4134-4140. [Consultado 2018 Abr 15].spa
dc.relation.referencesBacilos grampositivos en el Laboratorio Clínico (Una Evaluación 18 meses). Instituto de Microbiología Médica, Universidad de Zurich,2003. 41(9);4134-4140. [Consultado 2018 Abr 15].spa
dc.relation.referencesBarb JJ, Oler AJ, Kim SA, Chalmers N, Wallen GR, Cashion A, et al. Caracterización de múltiples regiones hipervariables de 16S rRNA utilizando muestras simuladas. Desarrollo de un análisis de tuberías PLoS ONE 11 (2): e0148047. doi:10.1371 / journal.pone.0148047spa
dc.relation.referencesDeutscher A, Burke M., Darling Aa, Riegler M, Reynolds O and Chapman T. Near full-length 16S rRNA gene next-generation sequencing revealed Asaia as a common midgut bacterium of wild and domesticated Queensland fruit fly larvae. 2018 Microbiome 6(85): 2-22. [Consultado 2018 Abr 15]. https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-018- 0463-yspa
dc.relation.referencesPatrick C, et al. Usefulness of the MicroSeq 500 16S Ribosomal DNA-Based Bacterial Identification System for Identification of Clinically Significant Bacterial Isolates with Ambiguous Biochemical Profiles. J Clin Microbiol. [Internet] 2003; 41(5): 1996–2001. [Consultado 2017 Mar 15]. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC154750/spa
dc.relation.referencesColombia. Ministerio de ambiente y desarrollo sostenible. Decreto 1375 de 2013, junio 27, por el cual se reglamentan las colecciones biológicas. Bogotá: El ministerio 2013.spa
dc.relation.referencesColombia. Ministerio de ambiente y desarrollo sostenible. Decreto 1376 de 2013, junio 27, por el cual se reglamenta el permiso de recolección de especímenes de especies silvestres de la diversidad biológica con fines de investigación científica no comercial. Bogotá: El ministerio 2013.spa
dc.relation.referencesBarb JJ, Oler AJ, Kim SA, Chalmers N, Wallen GR, Cashion A, et al. Caracterización de múltiples regiones hipervariables de 16S rRNA utilizando muestras simuladas. Desarrollo de un análisis de tuberías PLoS ONE 11 (2): e0148047. doi:10.1371 / journal.pone.0148047spa
dc.relation.references.Deutscher A, Burke M., Darling Aa, Riegler M, Reynolds O and Chapman T. Near full-length 16S rRNA gene next-generation sequencing revealed Asaia as a common midgut bacterium of wild and domesticated Queensland fruit fly larvae. 2018 Microbiome 6(85): 2-22. [Consultado 2018 Abr 15]. https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-018- 0463-yspa
dc.relation.referencesGutiérrez-Jiméneza; Luna L, Mendoza M, Díaz G, Gutiérrez B, Feliciano J. Organización, mantenimiento y preservación de la Colección de Cultivos Bacterianos del Instituto de Ciencias Biológicas de la Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas (UNICACH), México. Revista de la Sociedad Venezolana de Microbiología. [Internet] 2015; 35:95-102. [Consultado 2017 Mar 21]. Disponible en: https://www.researchgate.net/profile/Javier_GutierrezJimenez/publication/293213124_Organizacion_mantenimiento_y_preservacion_d e_la_coleccion_de_cultivos_bacterianos_del_Instituto_de_Ciencias_Biologicas_d e_la_Universidad_de_Ciencias_y_Artes_de_Chiapas_UNICACH_Mexico/links/56 b6b3a908ae5ad36059b72a.pdfspa
dc.relation.referencesNavarro A; Townsend A, Nakazawa Y, Liebig I. Colecciones biológicas, modelaje de nichos ecológicos y los estudios de la biodiversidad. Researchgate. [Internet] 2017; 115-122. [Consultado 2017 Mar 23]. Disponible en: https://www.researchgate.net/profile/Andrew_Peterson10/publication/230709870_ Colecciones_biologicas_modelaje_de_nichos_ecologicos_y_los_estudios_de_la_ biodiversidad/links/589bdfc192851c942ddaf62c/Colecciones-biologicasmodelaje-de-nichos-ecologicos-y-los-estudios-de-la-biodiversidad.pdfspa
dc.relation.referencesSimmons J, Muñoz Y, Cuidado, Manejo y Conservación de las Colecciones Biológicas. [Internet]. Bogotá D.C., Panamericana formas e Impresos S.A., 2005. [Fecha de acceso 28 de marzo de 2017]. Disponible en: http://www.ibiologia.unam.mx/pdf/directorio/c/cervantes/clases/sistem/Cuidado_M anejo_y_Conservacion_de_las_Colecciones_Biologicas.pdfspa
dc.relation.referencesCifuentes L, Quispe I. Manual de Prácticas de Microbiología del Cepario del Laboratorio de Biotecnología de la Universidad Pedagógica Nacional [línea de investigación biotecnología y educación]. Bogotá D.C: Universidad Pedagógica Nacional.; 2014spa
dc.relation.referencesParra S, Pérez M, Morales M, Suárez Z, Montoya D. Implementación y evaluación de dos métodos de conservación y generación de la base de datos del banco de cepas y genes del Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia (IBUN). Nova-publicación científica. [Internet]. 2006; 4(5); 39-49. [Consultado 2017 Mar 30]. Disponible en: http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/ARTORIG3_5.pdfspa
dc.relation.referencesOlaya D, Pérez D. Colección digital de microorganismos del cepario de bacterias de la pontificia universidad javeriana. [Profesional en Ciencia de la Información - Bibliotecólogo]. Bogotá D.C: Pontificia universidad javeriana; 2014spa
dc.relation.referencesFernández A, García C, Saéz J, Valdezate S. Métodos de identificación bacteriana en el laboratorio de microbiología. Procedimientos en Microbiología Clínica. Editores: Emilia Cercenado y Rafael Cantón. 2010spa
dc.relation.referencesStephen J. Salipante et al. Rapid 16S rRNA Next-Generation Sequencing of Polymicrobial Clinical Samples for Diagnosis of Complex Bacterial Infections. PLoS ONE [Internet]. 2013; 8(5): e65226. [Consultado 2017 Mar 31]. Disponible en: http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0065226.spa
dc.relation.referencesJanda J, Abbott S. 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Identification in the Diagnostic Laboratory: Pluses, Perils, and Pitfalls. J Clin Microbiol. [Internet]. 2007; 45(9); 2761-2764. [Consultado 2017 abr 15]. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2045242/spa
dc.relation.referencesOlarte N et al. Colonización por Staphylococcus aureus resistente a la meticilina en una unidad de cuidados intensivos de adultos de un hospital colombiano: caracterización fenotípica y molecular con detección de un clon de circulación en la comunidad. Biomedica. [Internet]. 2010; 30(3). [Consultado 2017 abr 15]. Disponible en: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120- 41572010000300008.spa
dc.relation.referencesSánchez L, Corrales L. Congelación bacteriana: Factores que intervienen en el proceso. Nova- publicación científica [internet]. 2005; 3(3); 109-113. [Consultado 2017 Abr 15]. Disponible en: http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/ENSAYO1_3.pdfspa
dc.relation.referencesSánchez L, Corrales L. Evaluación de la congelación para conservación de especies autóctonas bacterianas. Nova-publicaciones científicas [Internet]. 2005; 3(4); 21-29. . [Consultado 2017 Abr 15]. Disponible en: http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/ARTORIG2_4.pdfspa
dc.relation.referencesGuillén L, Millán B, Araque M. Caracterización molecular de cepas de Escherichia coli aisladas de productos lácteos artesanales elaborados en Mérida, Venezuela. Elsevier España. [Internet]. 2014; 18(3); 100-108. . [Consultado 2017 Abr 25]. Disponible en: http://www.scielo.org.co/pdf/inf/v18n3/v18n3a05.pdfspa
dc.relation.referencesNir Dover, Barash J, Hill K, Xie G, Arnon S. Molecular Characterization of a Novel Botulinum Neurotoxin Type H Gene. J Infect Dis. [Internet]. 2014; 209(2); 192-202. [Consultado 2017 Abr 25]. Disponible en: https://academic.oup.com/jid/article/209/2/192/828352/MolecularCharacterization-of-a-Novel-Botulinumspa
dc.relation.referencesOcampo A, Vargas C, Sierra P, Cienfuegos A, Jiménez J. Caracterización molecular de un brote de Klebsiella pneumoniae resistente a carbapenémicos en un hospital de alto nivel de complejidad de Medellín, Colombia. Biomedica. [Internet]. 2015; 35; 496-504. [Consultado 2017 Abr 25]. Disponible en: http://www.scielo.org.co/pdf/bio/v35n4/v35n4a07.pdfspa
dc.relation.referencesPieniz S, Andreazza R, Okeke B, Camargo F, Brandelli A. Antimicrobial and antioxidant activities of Enterococcus species isolated from meat and dairy products. Braz. J. Biol. [Internet]. 2015; 75(4); 923-931. [Consultado 2017 Abr 25]. Disponible en: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519- 69842015000600923spa
dc.relation.referencesOrjuela O, Vélez A, Gallego C. Bacteriología aplicada manual de procedimientos. Colombia. Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca. 2008spa
dc.relation.referencesCorrales L, Avila S, Estupiñan S. Bacteriología teoría y práctica. Colombia. Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca. 2013spa
dc.relation.references.Koneman N et al.. Diagnostico microbiológico: Texto y atlas en color 6ta edición. Editorial medica pana mericana. 2006spa
dc.relation.referencesCorrales L.Sánchez L, Arévalo Z. Moreno V. Bacillus: Género bacteriano que demuestra ser un importante solubilizador de fosfato. NOVA. 2014. 12(22). [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: http://www.unicolmayor.edu.co/publicaciones/index.php/nova/article/view/276/ 529spa
dc.relation.referencesRodríguez M, Lin S, González J.Foliculitis infecciosas estafilocócicas. (Parte II). 2017. Rev Cent Dermatol Pascua. 26(3):92-95. [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: http://www.medigraphic.com/pdfs/derma/cd-2017/cd173b.pdfspa
dc.relation.referencesKuvhenguhwa M, Belgrave K, Shah S, Bayer A, and Miller L. A Case of Early Prosthetic Valve Endocarditis Caused by Staphylococcus warneri in a Patient Presenting With Congestive Heart Failure. Cardiol Res. 2017 Oct; 8(5): 236– 240. [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5667712/spa
dc.relation.referencesMartínez M. Ortiz G. Seminario de graduación para optar al título de la Licenciatura en Bioanálisis Clínico. 2014 Director: Arbizu O. Managua Nicaragua.spa
dc.relation.referencesCrespo MP, Vélez J. Importancia clínica del Streptococcus agalactiae como causante de infección.1996. Colombiamedica. 27(2). [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: http://colombiamedica.univalle.edu.co/index.php/comedica/article/view/19/14spa
dc.relation.referencesGuerrero S., Marín F. Enfermedad invasora por Streptococcus pyogenes como coinfección en un paciente con influenza A H1N1. 2015. Rev. méd. Chile. 143 (8): 1070-1075. [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: https://scielo.conicyt.cl/pdf/rmc/v143n8/art16.pdfspa
dc.relation.references.Martínez M. Ortiz G. Seminario de graduación para optar al título de la Licenciatura en Bioanálisis Clínico. 2014 Director: Arbizu O. Managua Nicaraguaspa
dc.relation.referencesServicio de secuenciacion automatica. Instituto de investigaciones Biomedicas "Almerto Solis". PDF 1-18.spa
dc.relation.referencesEguiarte, A.Aguirre,J. Barbolla, E. Aguirre, Genómica de Poblaciones: Nada en Evolución va a tener sentido si no es a la luz de la Genómica, y nada en Genómica tendrá sentido si no es a la luz de la Evolución, [Internet], TIPVolume 16, Issue 1, 2013, [Citado 2 Feb de 2018]. Disponible en: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1405888X13720771spa
dc.relation.referencesPadmapriya M. and Williams C. Purification and characterization of neutral protease enzyme from Bacillus Subtilis. J. Microbiol. Biotech. Res., 2012, 2 (4):612-618. [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: https://www.researchgate.net/publication/318452212_Purification_and_charact erization_of_neutral_protease_enzyme_from_Bacillus_Subtilisspa
dc.relation.references.Mamou G. Mohan G.Rouvinski A.Rosenberg A. Yehuda S. Early Developmental Program Shapes Colony Morphology in Bacteria. 2016. Cell Reports. 14(8): 1850-18575. [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630064Xspa
dc.relation.references.Tena D. Cutaneous Infection Due to Bacillus pumilus: Report of 3 Cases. Clinical Infectious Diseases, 44(4), 2007:40–e42. [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: https://academic.oup.com/cid/article/44/4/e40/342766spa
dc.relation.referencesTapia C. Stuardo C. Troncoso R. Corynebacterium diphtheriae no toxigénico Rev. chil. infectol. 35 (2). 2018. [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: https://scielo.conicyt.cl/scielo.php?pid=S071610182018000200189&script=sci _arttext&tlng=esspa
dc.relation.referencesFlores E., Albarado L. Ciclo celular por Gram y tinción de fluorescencia modificada en bacterias con aspecto morfotintorial semejante a Neisseria gonorrhoeae aisladas de muestras perianales y uretrales. NOVA. 2009. 7(11): 27-33. [Consultado 2018 Ago 5]. Disponible en: https://repository.unad.edu.co/handle/10596/6625spa
dc.relation.referencesL. Eguiarte, A.Aguirre,J. Barbolla, E. Aguirre, Genómica de Poblaciones: Nada en Evolución va a tener sentido si no es a la luz de la Genómica, y nada en Genómica tendrá sentido si no es a la luz de la Evolución, [Internet], TIPVolume 16, Issue 1, 2013, [Citado 2 Feb de 2018]. Disponible en: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1405888X13720771spa
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/closedAccessspa
dc.rights.creativecommonsAtribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-NC-SA 4.0)spa
dc.subject.lembBacterias
dc.subject.lembPruebas Bioquímicas
dc.subject.lembBanco de cepas
dc.subject.lembDNA
dc.subject.proposalCepariospa
dc.subject.proposalBacterias Gram positivasspa
dc.subject.proposalFenotipificaciónspa
dc.subject.proposalSecuenciaciónspa
dc.subject.proposalADNspa
dc.subject.proposalPCRspa
dc.subject.proposalElectroforesisspa
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fspa
dc.type.coarversionhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85spa
dc.type.contentTextspa
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisspa
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dc.type.versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionspa
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_14cbspa


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