Identificación de poblaciones celulares asociadas a la supervivencia global en carcinoma escamocelular de cabeza y cuello mediante análisis de deconvolución de datos de rna-seq de cohortes públicas

Abstract

El carcinoma escamocelular de cabeza y cuello es una de las neoplasias más frecuentes y agresivas del tracto aerodigestivo superior, caracterizado por una alta heterogeneidad que influye en la supervivencia de los pacientes. La interacción entre células tumorales, inmunitarias y estromales define el microambiente tumoral, representando un ecosistema altamente complejo y un desafío para su caracterización, dado que la señal transcriptómica total refleja la aportación variable de cada grupo celular. En este contexto, el presente trabajo tuvo como objetivo identificar poblaciones celulares del microambiente tumoral asociadas a la supervivencia global a partir de datos transcriptómicos de una base de datos pública. Se procesaron datos de RNA-seq de la cohorte TCGA-HNSCC (520 muestras), aplicando filtros de calidad, eliminación de genes no expresados y duplicados, y transformación logarítmica, obteniendo una matriz final de 16.766 genes. Las proporciones celulares se estimaron mediante CIBERSORTx en 381 muestras significativas (p < 0.05), evidenciando predominio de células T CD4 memoria (18%) y macrófagos M0 (17%), con distintos patrones de infiltración inmune entre pacientes. Se construyó un modelo Random Survival Forest integrando proporciones celulares y variables clínicas en 381 pacientes (C-index OOB = 0.645). El puntaje de riesgo generado se asoció significativamente con la mortalidad (HR = 1.041; IC 95%: 1.034–1.048; p < 0.0001), con diferencias significativas en supervivencia global entre grupos. Las variables más relevantes fueron la edad, los macrófagos M0, el estadio patológico tumoral y el compromiso ganglionar. En conclusión, los resultados permiten evidenciar la relación entre la composición del microambiente tumoral y la supervivencia en pacientes con HNSCC, destacando el papel del componente mieloide, principalmente los macrófagos M0, como posibles factores pronósticos en esta neoplasia.